Satu peristiwa yang tidak mungkin dapat dilupakan, sekaligus menjadi satu titik hitam dalam lipatan sejarah RAMD ialah Peristiwa Kalabakan. Dalam tragedi berdarah ini, seorang pegawai dan tujuh anggota Batallion ke-3 RAMD terkoban, manakala 18 orang anggota lagi tercedera. Peristiwa berdarah ini berlaku pada tanggal 29 Disember 1963. Tempat berlakunya tragedi berdarah yang menimpa Batallion ke-3 RAMD itu terletak tidak jauh dari tebing Sungai Kalabakan. Lokasinya kira-kira 30 batu ke utara Tawau dan 12 batu ke utara sempadan Kalimantan, Indonesia. Di situ terletak dua penempatan kecil Pasukan Keselamatan Malaysia yang terdiri daripada satu penempatan Pasukan Polis Hutan dan sebuah lagi penempatan tentera terletak di suatu lereng bukit.
Kedua-dua penempatan dipisahkan dalam jarak lebih 400 ela sahaja. Pos Polis yang dipagari dengan dawai berduri mempunuyai kekuatan 15 orang anggota, manakala penempatan pasukan tentera tidak pula berpagar. Anggota Platun 1 Kompeni A dan kemudiannya disertai oleh seksyen dari Platun 10 Kompeni C ditempatkan di situ. Kawasan perkhemahan ini terletak suatu kawasan lereng tanpa sistem keselamatan serta pertahanan yang lengkap. Ini berlaku kerana ketiadaaan bekalan peralatan walaupun usaha mendapatkannya telah berulangkali dilakukan.
Menurut laporan, seramai 130 orang tentera Indonesia daripada pelbagai pasukan bergerak dari Kalimantan menyusup ke kawasan Malaysia pada pertengahan Disember 1963. Pasukan ini singgah di Serudong dalam perjalanan menuju ke Selimpopon dengan melewati Tarakan untuk ke kem balak Teck Guan dekat Kalabakan. Mereka bermalam di situ pada 28 Disember. Mejar Zainol Abidin bersama dua seksyen dari Kompeni C digerakkan ke penempatan Platun 1 Kompeni A di Kalabakan pada 29 Disember bagi memperkuatkan subunit berkenaan. Tiga buah kubu, setiap satu untuk tiga orang, dibina untuk tujuan pertahanan, Kubu berkenaan terletak di kiri dan kanan serta di Sebelah kanan belakang rumah atap dan digunakan untuk menenmpatkan senjata RISLB. Rumah berkenaan diberikan oleh Mr. Ress Pengurus Bombay Burma Timber Company Limited.
Leftenan Kolonel (Bersara) Raja Shaharudin menyatakan, beliau ada menerima maklumat yang menyatakan satu kumpulan tentera Indonesia sedang bergerak dari Kalimantan menyusup masuk ke kawasan Malaysia. Mereka dilaporkan telah merampas barang-barang dr sebuah kedai kepunyaan seorang peniaga Cina di kawasan Serudong Laut. Mereka dikatakan sedang bergerak ke arah kawasan Kalabakan.
Tidak lama selepas itu satu tembakan kedengaran memecah keheningan malam dan kemudiannya diikuti pula oleh tembakan yang bertubi-tubi. Ketika saya dan sebilangan anggota keluar dari rumah untuk 'stand to', anggota TNI telah pun mula melepasakn tembakan dan melemaprkan bom tangan ke kedudukan kami, cerita Lettenan Kolonel (bersara) Raja Shaharudin. Semua anggota bertempiaran keluar dari rumah mencari perlindungan. Sarjan Abdul Aziz berjaya menerjunkan diri ke dalam kubu dan berada bersama ketua platun serta dua anggota lagi. Kami membalas tembakan dan turut melontarkan bom tangan ke arah anggota TNI, saya kemudiannya memerintahkan anggota agar mengambil perlindungan dan tidak melepaskan tembakan kecuali mereka melihat anggota TNI.
Tembak-menembak berhenti kira-kira pukul 11.00 malam, terang Leftenan Kolonel (Bersara) Raja Shaharudin. Mr. Ress, besama seorang lalaki datang menemui Leftenan Muda Raja Shaharudin sejurus selepas pertempuran berhenti. Pada lebih kurang pukul 3.30 pagi 30 Disember 1963 satu platun bantuan yang diketuai oleh Leftenan Muda Wan Nordin bnin Wan Mohammad (12176) sampai ke lokasi platun di Kalabakan. Anggotanya diarah mengumpulkan anggota yang terkorban dan tercedera sambil memberikan rawatan sekadar terdaya. Apabila matahari pagi 30 Disember 1963 mula menampakkan sinarnya, anggota mula melakukan penggeledahan kawasan secara terperinci bagi mengumpul mayat dan anggota yang tercedera untuk dimaklumkan kepada markas batalion. Lapan anggota termasuk ketua kompeni disahkan terkorban, manakala 18 anggota lagi tercedera.